Για τα κολοκυθάκια σουφλέ, τρίβουμε πρώτα τις πατάτες σε χοντρό τρίφτη.
Κόβουμε τα κολοκυθάκια σε λεπτές φέτες. Καθαρίζουμε και κόβουμε την κίτρινη κολοκύθα σε λεπτές φέτες.
Βάζουμε όλα τα υλικά σε μπολ. Προσθέτουμε τα κρεμμύδια. Αλατοπιπερώνουμε καλά.
Προσθέτουμε το μάραθο ή τον άνηθο. Περιχύνουμε με το λάδι, ανακατεύουμε και τα στρώνουμε σε λαδωμένο πυρέξ.
Πασπαλίζουμε με τα τυριά. Χτυπάμε σε ένα μπολ τα αυγά με την κρέμα. Περιχύνουμε τα υλικά και σκεπάζουμε με αλουμινόχαρτο.
Ψήνουμε για 20΄στους 200 °C, ξεσκεπάζουμε και συνεχίζουμε το ψήσιμο μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια.